利用高通量测序技术鉴定棉纤维发育相关miRNAs及其靶基因

• 作者: 于霁雯 南文智 吴嫚 喻树迅 张红卫 张金发 李兴丽 范术丽 黄双领
• 来源期刊: 棉花学报
• 学科: 农学
• 关键词: 棉花miRNA 高通量测序 棉花D5基因组 靶基因预测
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 300-308
• 页数: 9页
• 分类号: S562.035.3
• 字数: 5453字
• 语种: 中文

摘要

miRNA (microRNA)是一类21～24个核酸长度的非编码小分子RNA(sRNA),它主要通过抑制或降解靶基因来调控植物生长发育等过程.试验利用在纤维长度上有显著差异的2个回交自交系BILs (Backcross inbred lines)的0DPA (Days post anthesis)、3 DPA的胚珠和10 DPA的纤维构建6个sRNA文库并进行Solexa 测序.以已公布的棉花D5基因组序列和棉属其他序列为参考,经分析共发现561个miRNAs,其中包括254个已知的miRNAs(属于40个miRNA家族),75个候选的miRNAs和232个新的miRNAs,研究结果极大地丰富了棉属miRNAs.通过miRNA靶基因预测分析发现多数miRNAs负调控其对应的靶基因,少数正调控.KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)注释结果表明miRNA的靶基因在植物激素代谢途径中显著富集.