基于CUDA平台的数据库序列比对算法加速

• 作者: 李叶 袁竞杰
• 来源期刊: 智能计算机与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 序列比对 Smith-Waterman算法 CUDA GPU计算
• 年，卷（期）: 2013,（2）
• 页码范围: 44-49
• 页数: 6页
• 分类号: TP37
• 字数: 5004字
• 语种: 中文

摘要

在生物信息学中,数据库序列比对是极为常用的操作,Smith-Waterman算法是最流行的序列比对算法,精确度高,但是计算复杂度高,在进行大量的序列比对非常耗时.另外,生物技术的发展使得已知的序列数据库变得越来越庞大,这导致进行数据库序列比对所消耗的时间也越来越长,因而有必要加速数据库序列比对算法.NVIDIA提出了CUDA编程架构,相比之前的GPGPU具有更好的可编程性,用户可以更轻松地发掘出GPU强大的计算能力.在CUDA平台上实现了Smith-Waterman的数据库序列比对算法的并行加速,速度优于已有的基于GPU的实现,超过了基于启发式算法的BLAST算法执行速度.