雷蒙德氏棉和拟南芥基因启动子中顺式作用元件的分布

• 作者: 何守朴 孙高飞 杜雄明
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 雷蒙德氏棉 全基因组 顺式作用元件
• 年，卷（期）: 2013,（10）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1226-1236
• 页数: 11页
• 字数: 6789字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2013.01226

摘要

随着雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii)基因组草图的完成,相关的基因组学研究已经全面展开.文章利用已公布的雷蒙德氏棉和拟南芥基因组序列,结合顺式作用元件(cis-regulatory element,CRE)数据库PLACE中的CRE序列信息,对两个物种中带有5,UTR注释的基因启动子上游1 000 bp序列进行CRE扫描和统计.结果表明,雷蒙德氏棉和拟南芥基因组中分别有44(12.3％)和57(15.5％)个CRE在启动子的特定位置呈峰状分布,其中在两个基因组均呈峰状分布的有34个,这些CRE又可以根据核心序列分为4大类.TATABOX类CRE顶峰在启动子中出现的位置和其真实位置(～-30 bp)具有一致性,预示CRE真实位置在不同基因启动子中相对保守,从而推测本研究中呈峰状分布CRE的顶峰位置可能就是转录因子和该CRE结合的真实位置.而同一CRE在两个基因组中存在的位置差异则主要源于雷蒙德氏棉基因的5,UTR长度变异大于拟南芥.另外,文章还发现绝大多数峰状分布的CRE的位置都集中在-110 bp～0 bp之间,这种集中的分布可能更有利于转录因子之间相互作用,从而调控下游基因的表达.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杜雄明	中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室	57	1053	18.0	31.0
2	孙高飞	中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室	7	6	1.0	2.0
6	何守朴	中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室	4	6	2.0	2.0