基于全基因组的芽孢杆菌平均核苷酸同源性（ANI）分析

• 作者: 刘波 唐唯其 胡桂萍
• 来源期刊: 福建农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 芽孢杆菌 系统发育 平均核苷酸同源性 Jspecies
• 年，卷（期）: 2013,（9）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 833-843
• 页数: 11页
• 分类号: Q78
• 字数: 5271字
• 语种: 中文

摘要

采用 Jspecies 软件分析芽孢杆菌全基因组之间平均核苷酸同源性（ANI）的特征性。结果表明，芽孢杆菌属间、种间及亚种间两两菌株间 ANI 与其分类地位相关，具有明显属种特异性，其中芽孢杆菌科不同属之间的ANI 值分布于50％～65％；芽孢杆菌种间 ANI 值均低于95％，分布范围为65％～90％，加权平均数为70.12％，其中90％的 ANI 值低于70％；芽孢杆菌亚种间 ANI 值分布主要范围为90％～96％，占90％。因此，芽胞杆菌属间的ANI 鉴定标准建议定为50％～65％，芽胞杆菌种间的 ANI 鉴定标准建议定为65％～90％，芽胞杆菌亚种间的 ANI鉴定标准建议定为90％～96％。同时，基因组中的四核苷酸（Tetra）回归系数与 ANI 值具有相关性，表现明显属种特征性，回归拟合显示两者呈现一元二次方程关系，y ＝271-573.58 x ＋399.65 x2（R2＝0.9812），同时高于70％的ANI 值与相应的 Tetra 回归系数呈线性正相关，方程式为 y ＝178.58x -81.521（R2＝0.8767）。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘波	福建省农业科学院农业生物资源研究所	496	4446	29.0	44.0
2	胡桂萍	福建省农业科学院农业生物资源研究所	15	361	8.0	15.0
3	唐唯其	福建省农业科学院农业生物资源研究所	2	15	2.0	2.0