基于R/qtl不同方法对玉米株高QTL定位结果的比较

• 作者: 徐扬 徐辰武 汤在祥 胡文明 邓张泽
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: R/qtl 区间作图 复合区间作图 二维扫描 多区间作图
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·耕作栽培·生理生化
• 页码范围: 8-13
• 页数: 6页
• 分类号: S513.032
• 字数: 4297字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2013.01.002

摘要

R/qtl是基于R语言的QTL分析专用作图软件.为了研究R/qtl不同作图方法在分析结果上的差异,采用1个玉米F2∶3家系的株高实际数据,分别按该软件提供的区间作图法(IM)、复合区间作图法(CIM)、二维扫描和多QTL拟合进行数据分析和结果比较.在株高性状上共定位到8个QTL,其中,IM法检测到7个,总共解释表型变异的54.57％,有3个QTL在4种算法中都能检测到,其位置、LOD值、置信区间以及贡献率估计4种算法分析结果基本一致.CIM法共检测到5个QTL,可解释总变异的27.66％,其中,位于第3染色体158 cM和222 cM的2个QTL在所有4种算法中都能检测到,第7染色体36 cM处的QTL首次被检测到,其余4个QTL与IM法检测到的相应QTL一致.二维QTL扫描共检测到7个QTL,累计贡献率达到54.97％,未检测到显著互作的QTL,除第6染色体33.5 cM处的QTL外,其他QTL与IM法检测到的一致.多QTL拟合只检测到3个QTL,累计贡献率为21.52％,也未检测到QTL间显著互作.以上分析结果表明:不同方法检测到的QTL无论在数量上还是在贡献率估计上均存在一定程度上的差异,但一些主要QTL在用不同方法分析中通常都能被发现.此外,本研究群体株高性状的遗传模式仅有主效应QTL,上位性QTL均未检测到.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	汤在祥	扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室教育部植物功能基因组学重点实验室	11	76	5.0	8.0
3	徐扬	扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室教育部植物功能基因组学重点实验室	13	20	3.0	4.0
6	胡文明	扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室教育部植物功能基因组学重点实验室	2	5	1.0	2.0
7	邓张泽	扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室教育部植物功能基因组学重点实验室	1	5	1.0	1.0