非标记探针HRM法在中国对虾EST-SNP筛选中的应用

• 作者: 吴莹莹 孔杰 孟宪红 栾生 王清印 罗坤
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 中国对虾 单核苷酸多态性 高分辨率熔解曲线
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 111-118
• 页数: 8页
• 分类号: S917.4
• 字数: 3996字
• 语种: 中文

摘要

利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1％.对这些SNP位点在一个48尾中国对虾群体中的多态性进行了分析,结果表明,观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.000～0.947和0.049～0.506,有效等位基因数分布范围为1.051～1.999,平均为1.574;多态信息含量分析显示39个位点的PIC值范围为0.047 6～0.375,平均为0.272.另外,基因功能注释表明,39个多态SNP所在contig序列所对应的基因大都与免疫相关.以上这些结果表明,非标记探针HRM是一种简单快速而有效的SNP开发技术,可为中国对虾群体遗传学和遗传育种分析提供有效的候选标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴莹莹		8	25	2.0	5.0
2	王清印	农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所	25	365	12.0	18.0
3	孔杰	农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所	26	541	15.0	23.0
4	栾生	农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所	14	201	7.0	14.0
5	孟宪红	农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所	3	70	3.0	3.0