全基因组扩增技术对DNA甲基化保真性的影响

• 作者: 何志妮 张标 曾晓雯 李道传 王二曼 陈雯
• 来源期刊: 癌变·畸变·突变
• 学科: 生物学
• 关键词: DNA甲基化 全基因组扩增 焦磷酸测序 保真性
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 页码范围: 247-251,284
• 页数: 6页
• 分类号: Q3-3
• 字数: 4004字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-616x.2013.04.001

摘要

目的：采用焦磷酸测序技术对全基因组扩增后DNA甲基化保真性进行研究。方法：采用全基因组扩增试剂盒对L02、A549和HCT116细胞进行全基因组亚硫酸氢盐修饰后的DNA扩增，选择3个特异基因(MGMT、GSTP1和P16)和反映基因组总甲基化水平的LINE1序列，利用焦磷酸测序技术检验扩增前后甲基化的保真性。结果：DNA平均扩增量为246倍，片段长度>1000 bp，符合甲基化检测的基本要求。反映总甲基化水平的LINE1在扩增前后无明显变化；扩增后3个特异基因甲基化的变化幅度与扩增前基因甲基化水平相关。当基因的甲基化水平≥60%时，其扩增前后变化不大；当基因甲基化水平在≥20%~60%之间时，扩增前后的变化较大，且无一致的变化趋势；而当基因甲基化水平低于<20%时，扩增后基因甲基化水平下降显著。此外，焦磷酸测序结果表明全基因组扩增对各特异基因多个CpG甲基化位点的影响与对该基因平均甲基化水平的影响一致。结论：全基因组亚硫酸氢盐修饰后的DNA扩增适用于基因整体甲基化水平和甲基化率≥60%的特异基因的甲基化研究，但会影响低DNA甲基化率基因(<60%)的DNA甲基化的保真性。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈雯	中山大学公共卫生学院预防医学系	81	325	9.0	13.0
2	曾晓雯	中山大学公共卫生学院预防医学系	13	477	8.0	13.0
3	何志妮	中山大学公共卫生学院预防医学系	3	0	0.0	0.0
4	李道传	中山大学公共卫生学院预防医学系	13	31	4.0	5.0
5	张标	中山大学公共卫生学院预防医学系	3	1	1.0	1.0
6	王二曼	中山大学公共卫生学院预防医学系	1	0	0.0	0.0