海蓬子属植物EST序列的SSR信息分析与标记开发

• 作者: 何晓兰 刘晓庆 张大勇 张强 徐照龙 许玲 马鸿翔 黄益洪
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 海蓬子属 EST SSR分析 标记开发
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·耕作栽培·生理生化
• 页码范围: 1271-1277
• 页数: 7页
• 分类号: Q78
• 字数: 4290字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2013.06.015

摘要

为明确海蓬子EST序列中SSR的总体特征,开发海蓬子EST-SSR引物,从NCBI网站下载海蓬子及其近缘植物EST序列,利用Cross match等软件过滤掉载体序列、polyA/T和过短或过长的低质量序列,经CAP3软件拼接后获得非冗余EST,然后用在线软件SSRIT从这些序列中查找SSR,采用primer5.0软件设计SSR引物,并进行PCR扩增,对引物适用性进行评价.结果表明,截止2013年5月,NCBI数据库共有海蓬子相关EST序列1 439条,经软件处理后获得无冗余EST序列1 139条,总长542 084 bp,从这些序列中搜索到210个SSR,分布于167条EST中,出现频率为14.66％.SSR平均分布距离为2.58 kb,平均长度为14.56 bp;三核苷酸重复是主导类型,占EST-SSRs总数的40.95％,其次为四核苷酸和五核苷酸重复,分别占29.52％和13.33％;二核苷酸占11.90％,六核苷酸最少,仅占4.29％.在所有类型的重复基元中,ACT/AGT类型最多,占10.95％,其次为AAT/ATT和ACG/CGT,分别占8.10％和6.67％.随机挑选了30个SSR位点,根据其两侧保守序列,设计并合成了相应的EST-SSR引物,对海蓬子DNA进行PCR检测分析,结果有14对引物获得了清晰的条带,进一步将其中的5对引物对10个样本小群体进行了验证,结果显示有较好的多态性.该研究结果表明海蓬子EST序列中含有高频率的SSR位点,EST-SSR标记开发效率较高,为进一步开展海蓬子分子标记研究提供了一批适用的EST-SSR引物.