刺五加功能基因密码子偏好性的分析

• 作者: 修乐山 吴鹏 周秘 邢朝斌
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 刺五加 密码子用法 功能基因 最优密码子 GC量 偏好指数
• 年，卷（期）: 2013,（5）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 598-603
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2013.05.020

摘要

目的 分析刺五加功能基因密码子的使用方式及其影响因素.方法 以刺五加的17条功能基因为材料,利用CodonW和SPSS软件进行多元统计分析和对应性分析.结果 刺五加功能基因密码子3个位置的GC量依次为51.03％、41.23％和40.04％,三者均与整个编码区的GC量显著相关(P＜0.05),GC12与GC3的相关系数为0.262,未达到显著水平.同义密码子的相对使用频率大于1的密码子共27个,其中22个以A或T碱基结尾.对应性分析的结果表明,第1轴显示了22.78％的差异,与GC3、密码子适应指数和密码子偏好指数均极显著相关(P＜0.01),相关系数分别为0.786、0.686和0.617,与有效密码子数的相关性未达显著水平.第2轴显示了19.28％的差异,且仅与有效密码子数极显著相关(r=0.635).确定了刺五加功能基因的17个最优密码子.结论 刺五加的功能基因偏好使用以A或T碱基结尾的密码子,其使用模式受选择和突变的共同影响.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邢朝斌	河北联合大学生命科学学院	56	376	11.0	16.0
2	修乐山	河北联合大学生命科学学院	24	132	8.0	10.0
3	周秘	河北联合大学生命科学学院	16	78	6.0	8.0
4	吴鹏	河北联合大学生命科学学院	25	143	8.0	11.0