基于群体分化指数FST的绵羊全基因组选择信号检测

• 作者: 吴明明 张红平 张莉 曾滔 李利 杜立新 王光凯 赵福平 魏彩虹
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 绵羊基因组 选择信号 候选基因 群体分化指数(FST)
• 年，卷（期）: 2013,（12）
• 所属期刊栏目: 遗传繁育
• 页码范围: 1891-1899
• 页数: 9页
• 分类号: S826|S813.1
• 字数: 6076字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2013.12.005

摘要

本研究基于苏尼特羊(n=66)、德国肉用美利奴羊(n=159)和杜泊羊(n=93)3个群体的Illumina Ovine SNP50芯片分型数据,借助群体分化指数FST法进行群体间选择信号的检测分析,应用生物信息学方法分析寻找选择信号区域内的重要基因.结果,共找到343个“离群”位点,通过基因注释找到这些位点对应的365个候选基因.其中部分基因与绵羊生长、繁殖及肉质性状相关,如IGF2PB3、IGF1R、BMP2、BMPR 1B、CAPN3等,本研究结果也进一步验证了前期利用CNV和GWAS研究检测到的基因结果.通过GO分析发现,这些基因主要富集在新陈代谢和去甲基化等条目.通过群体分化指数FST能有效地检测到具有选择信号的基因,其中包括绵羊部分重要经济性状的候选基因,研究结果能为绵羊的育种提供参考.