传染性造血器官坏死病毒-Sn株基质蛋白基因克隆及生物信息学分析

• 作者: 刘洪柏 卢彤岩 徐黎明
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 传染性造血器官坏死病毒-Sn株 基质蛋白 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2013,（9）
• 页码范围: 1409-1415
• 分类号: Q939.4|S943
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2013.38521

摘要

基质蛋白(matrix protein,M)是传染性造血器官坏死病毒(infectious haematopoietic necrosis virus,IHNV)主要结构蛋白之一,是病毒感染后造成细胞凋亡的主要作用蛋白.为分析IHNV M蛋白的序列及结构特征,研究利用敏感细胞(EPC)培养传染性造血器官坏死病毒-Sn分离株(IHNV-Sn),根据M蛋白基因开放阅读框(open reading frame,ORF)的序列设计引物,利用RT-PCR的方法克隆得到M蛋白全长ORF,并且构建至表达载体pET27b(+)中,构建出pET27-M重组质粒.生物信息学分析结果显示,M蛋白基因的序列长度为588 bp,编码195个氨基酸残基,推导分子量约为21.88 ku,等电点为9.35；氨基酸序列分析表明,M蛋白富含丝氨酸、苏氨酸以及碱性氨基酸,存在丰富的α-螺旋、β折叠和无规则卷曲；M蛋白不含有信号肽；疏水性大于亲水性；没有跨膜区存在；抗原表位预测显示抗原性良好；结构预测显示,不存在N-糖基化位点,存在7个潜在的O-糖基化位点和15个潜在的磷酸化位点.系统进化树分析显示,IHNV-Sn株与美国分离株同为一簇.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	卢彤岩	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	150	1526	19.0	31.0
2	徐黎明	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	26	65	5.0	6.0
3	刘洪柏	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	9	188	7.0	9.0