用于转录因子结合位点识别的定位投影求精算法

• 作者: 于强 张懿璞 郭鸿志 霍红卫
• 来源期刊: 计算机学报
• 学科: 工学
• 关键词: 转录因子结合位点 模体 定位投影 求精
• 年，卷（期）: 2013,（12）
• 所属期刊栏目: 计算机理论
• 页码范围: 2545-2559
• 页数: 15页
• 分类号: TP18
• 字数: 13611字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1016.2013.02545

摘要

定位转录因子结合位点,也称模体发现问题,对于理解基因调控关系非常重要.文中提出了一种新的定位投影求精算法(Fixed-Position Projection Refinement algorithm,FPPR)用于DNA序列中的转录因子结合位点识别.通过一个基于数据集对应位置频率矩阵的投影过程,将DNA数据聚类为不同的子集,过滤选出其中具有一定信息量和复杂度的子集,作为初始状态,进而使用期望最大化算法进行求精.FPPR通过对定位投影过程中阈值的设定,实现了对OOPS、ZOOPS、TCM这3种模型中不同模体实例分布的处理.同时,结合高阶马尔可夫背景设计目标函数,使得算法的概率模型更加符合真实生物数据.此外,通过相似函数WIC评估,FPPR可拓展为解决多模体识别问题.真实数据测试表明,FPPR可以在合理的时间内准确找寻模体,与MEME、GAME、Motif Sampler和GALP-F等算法相比有更好的性能,并且可以有效地解决多模体识别问题.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	霍红卫	西安电子科技大学计算机学院	29	436	11.0	20.0
2	张懿璞	西安电子科技大学计算机学院	4	21	3.0	4.0
3	于强	西安电子科技大学计算机学院	8	44	3.0	6.0
4	郭鸿志	西安电子科技大学计算机学院	1	6	1.0	1.0