叶蝉EST资源的微卫星信息分析

• 作者: 李容柏 桑洪玉 焦晓真 胡德辉 邱永福
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 叶蝉 EST SSR EST-SSR 引物筛选
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 558-561
• 页数: 4页
• 分类号: S433.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2013.4.558

摘要

[目的]分析叶蝉EST序列信息,为其分子标记体系建立、遗传图谱构建及相关致害基因挖掘奠定基础.[方法]利用生物信息学技术对NCBI数据库中的4种叶蝉亚种EST序列进行SSR基序分析与统计,并对筛选出的SSR基序区段进行引物设计,开发出SSR标记.[结果]11044条叶蝉EST序列的总长为5866kb.按照引物筛选设定的参数,筛选获得1946条含有SSR基序的EST序列,占总EST序列的17.6％；其中包含2230个SSR基序并全部获得相应的SSR引物,平均间距为2.63 kb.在2～5个核苷酸重复中,3个核苷酸重复为优势基序,占总基序的77.3％,尤以AAT类最丰富,占3个核苷酸重复总数的40.7％；双核苷酸重复中,AG类所占的比例最大,为39.1％.[结论]从叶蝉EST序列中筛选获得2230个SSR引物,以3个核苷酸重复基序所占比重最大.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邱永福	广西大学农学院亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室	6	4	1.0	2.0
2	胡德辉	广西民族大学海洋与生物技术学院	1	4	1.0	1.0
3	焦晓真	广西大学农学院亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室	1	4	1.0	1.0
4	桑洪玉	广西大学农学院亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室	3	4	1.0	2.0
5	李容柏	广西民族大学海洋与生物技术学院	1	4	1.0	1.0