以采自福建省山区的正红菇 Russula griseocarnosa 为研究材料,进行 ITS ( internal transcribed spacer)、RPB2(the second largest subunit of the nuclear RNA polymerase enzyme II )保守区段克隆测序和序列同源性比对。将从 GenBank 中获得的部分红菇属物种 ITS 和 RPB2序列与正红菇序列通过最大简约法进行系统发育分析。基于 ITS 序列构建的系统发育树表明,福建正红菇与云南大红菌 Russula griseocarnosa X .H .Wang ,Zhu L . Yang & Knudsen ,sp .nov .间序列差异较小,亲缘关系较近,以99%的支持率聚为一簇。福建正红菇与欧洲红菇Russula vinosa 及玫瑰红菇 Russula rosea 间序列差异较大,亲缘关系较远,在系统发育树上聚为不同分枝。基于RPB2序列构建的系统发育树也表明福建正红菇与云南大红菌聚为一簇(支持率94%),而与玫瑰红菇聚为不同分支。