基于进化树、距离和特征的DNA条形码方法研究——以百花山地区草螟科为例

• 作者: 张爱兵 杨聪慧 武春生 金倩 陈付强
• 来源期刊: 应用昆虫学报
• 关键词: 鳞翅目 草螟 DNA条形码 COI基因 系统发育树 遗传距离 诊断特征
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: DNA条形码专栏
• 页码范围: 61-70
• 语种: 中文
• DOI: 10.7679/j.issn.2095-1353.2013.007

摘要

DNA条形码是一种快捷高效的分子鉴定新技术,近年来在动物分类学领域中得到迅速的发展和应用.在条形码的研究中有基于进化树、距离和特征3种常用的分析方法:第1种方法需要构建系统发育树,分析样本在树上的聚类情况；第2种方法依赖于物种种内和种间的序列差异；第3种则是通过一系列的诊断特征位点来鉴定物种.本研究扩增了北京百花山地区14种草螟科昆虫88个样本的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mitochondrial cytochrome c oxidase subunit Ⅰ,COI)基因片段,分别基于进化树、距离和特征方法进行了分析,以探讨不同DNA条形码方法在草螟科物种鉴定中的可行性.结果表明:在使用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建的系统发育树上,14个草螟物种各自聚成一个单系,均被成功区分.基于Kimura双参数模型计算遗传距离得出,种内和种内有一个明显的“barcoding gap”,且ABGD软件对样本的划分完全符合形态鉴定结果.在所有的草螟物种中都找到了诊断核苷酸位点,基于特征来鉴定草螟物种的成功率为100％.结果显示,这3种方法对于本研究中所涉及的草螟都具有较好的区分,基于COI基因的DNA条形码可以作为一种有效的工具在草螟科昆虫的物种鉴定中进行应用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	武春生	中国科学院动物研究所动物进化与系统学重点实验室	50	201	8.0	12.0
2	张爱兵	首都师范大学生命科学学院	21	194	8.0	13.0
3	杨聪慧	首都师范大学生命科学学院	3	37	3.0	3.0
4	金倩	首都师范大学生命科学学院	8	49	5.0	7.0
5	陈付强	中国科学院动物研究所动物进化与系统学重点实验室	4	21	2.0	4.0