一种快速精确的个体单体型重建算法

• 作者: 吴璟莉 李志欣 梁彬彬 王华
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 单核苷酸多态性 单体型 最少错误更正 启发式 重建
• 年，卷（期）: 2013,（9）
• 所属期刊栏目: 人工智能及识别技术
• 页码范围: 222-226
• 页数: 5页
• 分类号: TP301.6
• 字数: 5545字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2013.09.050

摘要

在最少错误更正模型的基础上，提出一种重建单体型的启发式算法 H-MEC。按照单体型的单核苷酸多态性(SNP)位点顺序依次构建算法步骤，根据某SNP位点取值将覆盖该SNP位点的片段划分为2个集合，利用包含片段数较多集合中的片段进行重建。使用HapMap计划发布的CEPH样本中的60个个体，在1号染色体的单体型上进行实验。结果表明，H-MEC算法在各种参数设置下，能获得较Fast Hare算法和DGS算法更高的单体型重建率。此外，该算法在重建长单体型时也具有较高的执行效率。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李志欣	广西师范大学计算机科学与信息工程学院	30	144	7.0	11.0
2	吴璟莉	广西师范大学计算机科学与信息工程学院	33	224	7.0	14.0
3	王华	广西师范大学计算机科学与信息工程学院	3	1	1.0	1.0
4	梁彬彬	广西师范大学计算机科学与信息工程学院	3	1	1.0	1.0