多核平台PAML并行算法研究

• 作者: 刘晓光 吴卓锋 杨菊 王刚
• 来源期刊: 计算机工程与科学
• 学科: 工学
• 关键词: 并行算法 PAML 多核CPU 单指令流多数据流
• 年，卷（期）: 2013,（9）
• 所属期刊栏目: 高性能计算
• 页码范围: 15-19
• 页数: 5页
• 分类号: TP393.027
• 字数: 3772字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-130X.2013.09.003

摘要

PAML是一款利用最大似然法进行系统发育分析的软件包,被广泛使用.然而,由于模型复杂、参数众多,PAML的计算过程非常耗时.对PAML中最重要的codeml程序进行了并行算法研究,通过算法分析和程序Profiling确定程序瓶颈.在此基础上,利用现代CPU的多核并行能力和SIMD并行机制优化程序瓶颈,从而提高了程序整体的运行速度.实际数据集和人工数据集上的实验表明并行算法有效提高了codeml的计算速度,加速比最高达7.94倍.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王刚	南开大学计算机与控制工程学院	64	284	8.0	12.0
2	刘晓光	南开大学计算机与控制工程学院	42	135	6.0	8.0
3	杨菊	南开大学计算机与控制工程学院	1	2	1.0	1.0
4	吴卓锋	南开大学计算机与控制工程学院	1	2	1.0	1.0