肠道硫酸盐还原菌DGGE分析技术的建立

• 作者: 刘辰雷 庞小燕 殷晓晨 费娜 赵立平 龙文敏
• 来源期刊: 中国微生态学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 硫酸盐还原菌 腺苷酰硫酸还原酶基因 DGGE 肠道菌群
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 706-711,714
• 分类号: R378
• 语种: 中文

摘要

目的 建立分析肠道内硫酸盐还原菌(Sulfate-reducing bacteria,SRB)组成的变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术,并用于分析10例健康人粪便样品中的SRB组成.方法 从GenBank中下载13株脱硫弧菌科细菌的腺苷酰硫酸还原酶α亚基基因(aprA)的序列,利用Clustal X、Simulated PCR (SPCR)软件比较、评估了2对针对aprA 基因的引物(AprA-3-FW/APS-RV和AprA-1-FW/AprA-5-RV)用于扩增粪便样品中的SRB的特异性.确定PCR引物和条件,进一步摸索并建立DGGE分析体系.结果 Clustal X和SPCR软件分析的结果均表明引物AprA-3-FW/APS-RV优于AprA-1-FW/AprA-5-RV.实际PCR的结果也显示AprA-1-FW/AprA-5-RV扩增效率低并有非特异扩增.建立DGGE体系,对10例健康人肠道中SRB的分析显示,每个个体肠道中SRB的种类有l到5种不等.结论 基于aprA序列的DGGE技术是分析肠道SRB组成的有效方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵立平	上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室	82	1916	26.0	41.0
2	庞小燕	上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室	19	220	8.0	14.0
3	龙文敏	上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室	4	4	2.0	2.0
4	殷晓晨	上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室	3	23	2.0	3.0
5	费娜	上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室	6	91	4.0	6.0
6	刘辰雷	上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室	2	5	2.0	2.0