基于16S rDNA序列的4株假单胞菌属细菌的分子鉴定

• 作者: 柴毅 谭凤霞
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 假单胞菌(Pseudomonas) 16S rDNA 分子鉴定
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 31-35
• 页数: 5页
• 分类号: S917.1
• 字数: 3684字
• 语种: 中文

摘要

对分离自养殖水环境的4株假单胞菌属细菌的16S rDNA序列进行PCR扩增并测定其核酸序列,在Gen-Bank中通过BLAST查找其同源序列,应用MegAlign软件中的Jotun Hein、Clustal V、Clustal W 3种方法进行序列差异和同源性分析,分别使用Mega 4.0软件中的邻接法(N-J)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育树.3种序列分析方法结果显示,由Jotun Hein法可知,菌株T3与菌株T6序列相似度最高为98.5％,菌株T4与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为99.1％,菌株T5与Pseudomonas sp.N9-l序列相似度最高为99.6％,菌株T6与Pseudomonas putida KF703及菌株T5序列相似度最高为99.1％；由Clustal V法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.0％,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21、Pseudomonas sp.N9-1及菌株T5序列相似度最高为97.7％,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为98.9％,菌株T6与菌株T5序列相似度最高为97.2％；由Clustal W法可知,菌株T3与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高均为97.7％,菌株T4与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为99.3％,菌株T5与Pseudomonas plecoglossicida S21序列相似度最高为99.6％,菌株T6与Pseudomonas sp.N9-1序列相似度最高为97.9％.4种方法构建的系统发育树基本一致,可初步确立4株菌株的分类地位:菌株T3与Pseudomonas sp.G53亲缘关系最近,菌株T4与序列Pseudomonas sp.N9-1以及Pseudomonas sp.WP6亲缘关系最近,菌株T5与Pseudomonas sp.3-3(2010)亲缘关系最近,菌株T6与Pseudomonas plecoglossicida S21亲缘关系最近.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	柴毅	长江大学动物科学院	42	189	7.0	12.0
2	谭凤霞	长江大学动物科学院	28	61	5.0	6.0