嗜热链球菌中CRISPR序列的检测与同源性分析

• 作者: 邓凯波 霍贵成
• 来源期刊: 食品科学
• 学科: 工学
• 关键词: 嗜热链球菌 clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) 检测 同源性
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 所属期刊栏目: 生物工程
• 页码范围: 153-157
• 页数: 5页
• 分类号: TS201.3|Q939.117
• 字数: 3098字
• 语种: 中文

摘要

为探明内蒙古的8株嗜热链球菌的CRISPR,用PCR方法扩增了其CRISPR序列,并采用生物信息学方法分析和预测了重复序列(direct repeat,DR)的同源性及二级结构.结果表明:除S4只含有一个CRISPR结构外,其余7株嗜热链球菌均检测出3条CRISPR序列,远高于CRISPR database公布细菌中具有该结构的比例(46.4％),且分别具特异性的重复序列(DR1～DR3); CRISPR最长达2853bp,最短仅101bp.对DR的二级结构预测发现,DR1～DR3均能形成回文结构,但茎环大小会有差异;在同源性比对中发现,除多数同属或同种外,供试DR还与个别远缘菌种具有高同源性,这种现象证明了供试菌株的CRISPR序列同样存在的水平基因转移,并可能存在其他的进化进程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	霍贵成	东北农业大学乳品科学教育部重点实验室	347	3533	30.0	41.0
2	邓凯波	东北农业大学乳品科学教育部重点实验室	7	51	4.0	7.0