cnhsa-mir-1246在食管癌细胞株中的表达及其生物信息学分析

• 作者: 付海龙 张向君 蒋森 赵亚萍 赵兵
• 来源期刊: 广东医学
• 关键词: 食管癌 has-mir-1246 生物信息学 靶基因
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 341-345
• 页数: 5页
• 字数: 3154字
• 语种: 中文

摘要

目的 检测食管癌细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中hsa-mir-1246的表达,并对hsa-mir-1246进行靶基因预测及相关生物信息学分析,为深入研究hsa-mir-1246在食管癌发生、发展过程中的分子机制提供理论依据和实验基础.方法 应用qRT-PCR技术检测食管癌细胞株KYSE-150中hsa-mir-1246的表达水平,并与正常对照细胞株对比;通过miRBase、NCBI、UCSC Browser等在线工具分析hsa-mir-1246序列;应用TargetScan、miRanda及miRBD预测hsa-mir-1246的靶基因,进行功能富集分析和信号通路富集分析.结果 (1)食管癌细胞株中hsa-mir-1246表达水平明显高于正常对照细胞株(86.67±16.87 vs 30.95±11.51,P＜0.05).(2)miRNA-1246在人类同源的物种之间具有高度保守性.(3)3种预测网站得到hsa-mir-1246靶基因分别为114个、5 983个、398个,交集为13个.(4)hsa-mir-1246靶基因功能分别富集于转录的调控、信号转导、染色质修饰、细胞周期等生物学过程(P＜0.001),涉及基底细胞癌、神经胶质瘤、Wnt信号通路、长时程增强效应等信号转导通路(P＜0.05).结论 hsa-mir-1246靶基因参与肿瘤发生的多种生物学过程,提示hsa-mir-1246可能与食管癌的发病机制密切相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵兵	中国人民解放军第八医院医务处	33	92	5.0	7.0
2	赵亚萍	中国人民解放军第八医院检验科	27	44	4.0	5.0
3	蒋森	中国人民解放军第八医院检验科	2	2	1.0	1.0
4	付海龙	中国人民解放军第八医院检验科	2	2	1.0	1.0
5	张向君	中国人民解放军第八医院检验科	2	0	0.0	0.0