X染色体倾斜失活人胚胎干细胞的拷贝数变异

• 作者: 何文智 刘维强 孙筱放 曹定娅 李洁亮 郭丽媛 黎青
• 来源期刊: 中国组织工程研究
• 学科: 医学
• 关键词: 干细胞 胎胚干细胞 拷贝数变异 芯片 倾斜性X染色体失活 基因 国家自然科学基金 干细胞图片文章
• 年，卷（期）: 2013,（10）
• 所属期刊栏目: 胚胎干细胞
• 页码范围: 1748-1752
• 页数: 5页
• 分类号: R394.2
• 字数: 4220字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-4344.2013.10.007

摘要

背景:倾斜性与随机X染色体失活的人胚胎干细胞拷贝数变异是否存在差异不清楚.目的:在全基因组水平分析倾斜性X染色体失活的人胚胎干细胞的拷贝数变异情况,分析其涵盖基因及其对细胞功能产生的影响.方法:3株倾斜性X染色体失活细胞为研究组,两株随机X染色体失活细胞为对照组.运用美国Affymetrix公司Cytogenetics Whole-Genome 2.7M芯片对其进行全基因组拷贝数变异分析,数据经ChAS软件、OMIM等工具分析,在3株倾斜性X染色体失活细胞中寻找相同拷贝数变异区域及其涵盖基因.结果与结论:①研究组中大于50 kb的拷贝数变异数均超过130个,高于对照组的平均36个,两组中拷贝数变异改变均以重复为主(＞70％).②研究组中共发现9个共同拷贝数变异区域,分布于1 q22、1p34.1、6q16.3、7q31.32、11q13.1、16q12.2、19p13.12、Xp22.33及Xq26.2,均为3个拷贝的重复,总共涵盖19个基因.对照组中这些区域及基因均为正常2个拷贝.③拷贝数变异涵盖基因多与DNA及核苷酸结合等功能相关,Xq26.2区域的GPC3基因突变与倾斜性X染色体失活可能有关联.结果表明倾斜性X染色体失活细胞相对随机失活细胞具有更多的微小基因组改变,拷贝数变异涵盖的重要基因可能对人胚胎干细胞功能产生不利影响.