南方水稻黑条矮缩病毒S9片段基因编码产物的生物信息学分析

• 作者: 任国敏 吴文斗 朱静 李凡 胡秀弟
• 来源期刊: 中国农学通报
• 学科: 农学
• 关键词: 南方水稻黑条矮缩病毒 S9片段 生物信息学分析 功能预测
• 年，卷（期）: 2013,（6）
• 所属期刊栏目: 农学-研究报告
• 页码范围: 12-19
• 页数: 8页
• 分类号: S4
• 字数: 5343字
• 语种: 中文

摘要

预测南方水稻黑条矮缩病毒(SRBSDV) S9片段编码蛋白的功能,为进一步深入分析相关基因编码产物的功能提供理论依据.应用RT-PCR克隆了SRBSDV云南芒市分离物(SRBSDV-YNMShi)的S9片段,测定其全序列,并对S9及其编码蛋白进行生物信息学分析.结果表明,S9片段全长1900 nt,编码P9-1和P9-2 2个蛋白.S9核苷酸序列与广东、海南、湖北分离物的同源性分别为99.5％、99.1％和98.7％.系统进化分析再次印证了SRBSDV是斐济病毒属的成员,SRBSDV-YNMShi与广东、越南分离物聚成一枝,与海南分离物有一定的进化分离趋势.P9-1为一个不稳定疏水蛋白,亚细胞定位于细胞核内,无规则卷曲是该蛋白质的主要结构元件,与其亲缘关系最近的水稻黑条矮缩病毒(RBSDV)有着类似结构.P9-2是有2个跨膜结构域的亲水性稳定蛋白,亚细胞定位于质膜,α-螺旋是其主要结构元件,有1个保守的G蛋白偶联受体.P9-1可能为SRBSDV复制的关键因子,P9-2可能为膜蛋白,具有转运的功能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李凡	云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室	63	368	10.0	15.0
2	吴文斗	云南农业大学基础与信息工程学院	22	75	5.0	7.0
3	朱静	云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室	4	5	1.0	2.0
4	胡秀弟	云南农业大学农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室	1	5	1.0	1.0