基于新一代测序技术的mtDNA突变检测方法学的建立

• 作者: 尚玉奎 李德洋 李薇薇 王晨曲 邢金良 黄启超
• 来源期刊: 现代生物医学进展
• 学科: 生物学
• 关键词: 线粒体DNA 突变 新一代测序技术
• 年，卷（期）: 2013,（13）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 2433-2436
• 分类号: Q28|Q-33|Q75
• 语种: 中文

摘要

目的:大量研究证实线粒体DNA(mtDNA)突变与肿瘤发生及进展密切相关,但使用传统测序方法难以高通量、高精确度的检测mtDNA突变,为此本研究建立了基于新一代测序技术的mtDNA突变检测方法.方法:提取肝癌患者癌、癌旁组织以及外周血细胞总DNA,利用PCR技术对线粒体基因组进行富集并对PCR产物进行平末端、粘性末端连接或对PCR引物进行氨基修饰,构建mtDNA测序文库.经Illumina HiSeq 2000平台测序后利用生物信息学方法与人类mtDNA参考序列进行比对,并进行测序数据分析.结果:通过对不同质量基因组DNA进行评估后,发现三对引物法适用于大部分DNA样本的mtDNA富集.进一步我们发现PCR引物的氨基修饰可显著提高测序数据覆盖均一性,降低测序成本.结论:本研究利用新一代测序技术通过对线粒体DNA富集方法以及测序覆盖度均一性进行优化,建立了一套灵敏、特异、高通量的mtDNA突变检测策略,为mtDNA突变与疾病研究提供了新方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邢金良	第四军医大学基础医学院细胞工程研究中心	35	135	8.0	9.0
2	李薇薇	第四军医大学基础医学院细胞工程研究中心	3	4	2.0	2.0
3	王晨曲	第四军医大学基础医学院细胞工程研究中心	1	2	1.0	1.0
4	黄启超	第四军医大学基础医学院细胞工程研究中心	8	21	3.0	4.0
5	李德洋	第四军医大学基础医学院细胞工程研究中心	3	2	1.0	1.0
6	尚玉奎	第四军医大学基础医学院细胞工程研究中心	1	2	1.0	1.0