藏羊 HIF -1α基因 CDS 区多态性及生物信息学分析

• 作者: 刘建斌 史兆国 吴瑜瑜 孙晓萍 岳耀敬 杨博辉 杨敏 牛春娥 王朝风 郭健 郭婷婷 韩吉龙
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 藏羊 HIF-1α基因 多态性 生物信息学
• 年，卷（期）: 2013,（10）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 12-16
• 页数: 5页
• 分类号: S826.8+32
• 字数: 4476字
• 语种: 中文

摘要

应用DNA混池测序法检测藏羊HIF-1α基因CDS区的多态性，并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构等方面进行预测和分析。结果表明，在藏羊群体中发现HIF-1α基因CDS区有4个SNP，其中901G→A为错义突变，其余为同义突变；HIF-1α基因包含1个2295 bp的开放阅读框，编码764个氨基酸，其编码蛋白属于亲水性蛋白；二级结构主要以无规则卷曲和α基因螺旋为主；HIF-1α基因编码产物氨基酸同源分析表明，藏羊HIF-1α编码的氨基酸与山羊、牦牛的遗传距离较近，具有高度同源性。