基于聚合酶链式反应-高通量测序（PCR-HTS）联用的cry2A基因鉴定方法

• 作者: 宋福平 张杰 李国勋 李颖 束长龙 郭媛媛 陈桂花
• 来源期刊: 中国生物防治学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苏云金芽胞杆菌 聚合酶链式反应 454高通量测序 cry2基因
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 696-702
• 页数: 7页
• 分类号: S476
• 字数: 4363字
• 语种: 中文

摘要

cry2基因对多种鳞翅目害虫具有高毒力，且与cry1A类基因无交互抗性，具有重要的应用价值。为了提高苏云金芽胞杆菌Bacillus thuringiensis（Bt）cry2杀虫基因资源的筛选和鉴定效率，本研究分析了所有已报到的cry2A基因的保守区，设计了4对通用引物，对2000株Bt菌株基因组DNA混合样品进行了PCR扩增，并利用454高通量测序仪对这些混合扩增产物进行了测序。测序总量有280704条Reads，序列分析结果表明，这些Bt菌株中含有已知的所有9类cry2类基因，其中包括cry2Ae和cry2Ai这2类在国内Bt 菌株中未见报道的基因；同时，发现了新型 cry2类基因的片段；随后设计特异性引物，扩增获得了半长基因片段cry2-1和cry2-2，进一步利用重叠PCR法获得了全长新基因cry2X，该基因的编码区为1902 bp，编码633个氨基酸；其氨基酸序列与Cry2Ab13蛋白的相似性最高，为93%，属于第三等级的模式基因。建立聚合酶链式反应-高通量测序（polymerase chain reaction-high throughput sequencing，PCR-HTS）联用的基因鉴定方法，具有快速、灵敏、准确、高通量、覆盖范围广等优点，不仅可以对 Bt 菌株中已知杀虫基因进行鉴定，而且能够发现新的基因，将在Bt基因鉴定、发掘中发挥重要的作用。