基于保守序列挖掘的乙型肝炎病毒进化研究

• 作者: 张琪 易青青 贺建峰 马磊
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 基序挖掘 乙型肝炎病毒 系统发育树 保守指数 可靠性评价
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 13-18
• 页数: 6页
• 分类号: R318.04
• 语种: 中文

摘要

乙型肝炎是一种十分严重的全球性传染疾病,乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)是导致乙型肝炎的直接原因.而HBV突变是乙肝病毒进化过程中的一个重要部分,近几年,国内外针对HBV突变进行了广泛研究.但是,对乙肝病毒序列中保守序列的研究为仍处于起步阶段.本文首先采用MEME(Multiple EM for motif elicitation)算法挖掘HBV基序(生物序列中的保守序列片段,即Motif),并提出了一种新的度量标准保守指数(Conserved index,CI),然后对HBV序列进行系统发育分析,最后对构建的系统发育树进行可靠性评价.结果表明,新的度量标准CI可以有效地利用MEME方法挖掘出多个保守序列,进行HBV序列的系统发育树构建,进而分析HBV序列之间的进化关系,并可以找出样本可能的祖先序列.本文的实验方法对HBV大数据集分析方法的研究有积极地启示作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张琪		16	26	2.0	4.0
2	贺建峰		61	281	9.0	13.0
3	马磊		47	127	6.0	9.0
4	易青青		3	1	1.0	1.0