亚东鲑基因组中Tc1-like转座子的序列歧化特征分析

• 作者: 李福贵 蒋霞云 邹曙明 郭秀明
• 来源期刊: 上海海洋大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 亚东鲑 Tc1-like转座子 序列分析
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术
• 页码范围: 15-21
• 分类号: S917
• 语种: 中文

摘要

根据鱼类Tc1-like超家族转座子的末端反向重复序列设计单引物,对西藏亚东鲑基因组进行PCR扩增、回收、克隆和测序,鉴定出亚东鲑两条长度为1 607 bp和1 473 bp的Tc1-like超家族转座子序列,命名为Tbt1和Tbt2.序列分析表明,亚东鲑Tbt1转座子左右两端分别存在一个196 nt和225 nt的末端反向重复序列(Inverted terminal repeats,ITR),在左右ITR中分别包含2个12 nt的亚末端反向重复序列(Subterminal inverted repeats,SIR);亚东鲑Tbt2转座子分别存在一个32 nt和31 nt短的ITR,其左右ITR中各仅包含1个12 nt的SIR.亚东鲑Tbt1、Tbt2转座子的转座酶编码区在进化过程中各已积累了4个和9个终止突变,两者均不能表达完整的转座酶.亚东鲑Tbt2与其它鲑科鱼类Tc1-like转座子的相似度低于30％,而与金鱼Tca2转座子的序列相似度高达98％,显示该转座子的获得可能起源于基因水平转移(horizontal gene transfer,HGT)方式.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李福贵	上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室	10	60	4.0	7.0
2	蒋霞云	上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室	33	219	8.0	14.0
3	邹曙明	上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室	34	235	8.0	14.0
4	郭秀明	上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室	2	15	2.0	2.0