环糊精水解酶底物运输通道的动态结构分析

• 作者: 庞浩 林丽华 莫莉 郭媛 闭海 黄日波
• 来源期刊: 广西科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 环糊精水解酶 底物通道 3D结构 底物运输 淀粉
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 生物催化与转化
• 页码范围: 12-16
• 页数: 5页
• 分类号: Q556
• 字数: 2961字
• 语种: 中文

摘要

[目的]环糊精水解酶是作用于特殊底物的水解酶,可以水解圆锥形结构的底物.分析这个酶的底物通道为水解特殊结构底物提供研究基础.[方法]利用分子动力学模拟环糊精水解酶存在的底物通道,比较环糊精水解酶BsCMD_1J0H和TspCMD_1SMA在底物运输通道上的差异.[结果]BsCMD_1J0H和TspCMD_1SMA都为糖基水解酶家族13的蛋白质,它们的碳骨架基本吻合,而在α-螺旋分布上,TspCMD_1SMA相比于BsCMD_1J0H来说,螺旋结构更趋向于在蛋白质中心聚集.BsCMD_1J0H有6条底物通道连通蛋白质表面和活性中心,TspCMD-1SMA有8条底物通道连通.BsCMD_1J0H的底物通道平均半径为1(A),TspCMD_ 1SMA的底物通道平均半径为1.2(A).[结论]本研究提供了BsCMD_1J0H和TspCMD_1SMA两个蛋白质在和底物接触中的相关底物通道信息.