α／β类蛋白质折叠类型的分类方法研究

• 作者: 李晓琴 王勤 马帅
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: α/β类蛋白质 折叠类型分类 打分函数 LIFCA数据库
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 123-132
• 页数: 10页
• 分类号: Q518.2
• 字数: 5290字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2014.02.08

摘要

蛋白质折叠规律的研究是生命科学重大前沿课题之一，折叠分类是蛋白质折叠研究的基础。本文基于LIFCA数据库，选取样本量大于2的55种α／β类蛋白质折叠类型为研究对象。结合蛋白质折叠类型的定义及其保守拓扑结构特征，确定了55种蛋白质折叠类型的模板及其对应的特征参数。建立了基于模板的打分函数Mul-Fscore，并结合二级结构参数信息，给出了55种α／β类蛋白质折叠类型的多模板分类方法。用此方法对LIFAC数据库中的931个样本进行检验，分类结果的平均特异性、平均敏感性、MCC值分别为99．58％、79．47％、79．39％。与TM-score分类结果对比发现，Mul-Fscore分类的敏感性与MCC值好于TM-score的相应结果，平均特异性相近。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李晓琴	北京工业大学生命科学与生物工程学院	28	71	5.0	6.0
2	王勤	北京工业大学生命科学与生物工程学院	3	12	2.0	3.0
3	马帅	北京工业大学生命科学与生物工程学院	9	42	4.0	6.0