大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因的克隆和生物信息学分析

• 作者: 张和民 文心田 曹三杰 李德生 杨绍林 王承东 郭玲 陈世界 黄晓波
• 来源期刊: 中国兽医科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大熊猫轮状病毒 VP1基因 克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 页码范围: 27-32
• 页数: 6页
• 分类号: S852.659.4
• 语种: 中文

摘要

为研究大熊猫源轮状病毒(RV)CH-1株外衣壳蛋白VP1基因的结构及功能,采用MA-104细胞增殖大熊猫源RV,提取总RNA,运用RT-PCR扩增VP1基因,将阳性克隆进行测序,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树.结果显示,成功获得了长3 287 bp的GPRV VP1蛋白基因(GenBank登录号:HQ641297);经生物信息学分析,此序列包含有一个3 267 bp的完整开放阅读框,编码1 089个氨基酸;无信号肽;无跨膜区,其整个蛋白都位于病毒膜外区;抗原表位预测显示VP1蛋白有41个抗原表位;系统进化树分析显示大熊猫轮状病毒CH-1株VP1基因与猪A组轮状病毒VP1基因的进化距离最近.本研究成功获得了大熊猫源RV VP1基因,为今后研究此基因的生物学功能奠定了基础.