向HelmCoP数据库直系同源组添加古菌序列

• 作者: 杨一子 罗大民
• 来源期刊: 南京师大学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: 古菌 OrthoMCL HelmCoP BLAST
• 年，卷（期）: 2014,（3）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 89-94
• 页数: 6页
• 分类号: TP311.13
• 字数: 4796字
• 语种: 中文

摘要

含有古菌序列的直系同源组可以在很大程度上便利各种基于 HelmCoP 数据的研究,但是目前HelmCoP直系同源组不含有任何古菌序列。为了向HelmCoP直系同源组添加古菌序列,以1个OrthoMCL-DB网站工具的分配方法为依据,我们将29种古菌物种模式菌株的蛋白质组数据,通过BLAST比对和OrthoMCL分析,逐步添加至各个HelmCoP直系同源组中。结果显示,21326条古菌序列被成功地分配给了1954个HelmCoP直系同源组中,而其他2821条古菌序列被归类至NO_GROUP类别。这些分配结果得到了良好BLAST匹配数据的支持。一些自由生活物种包括Caenorhabditis japonica、大豆和拟南芥在研究中也受到了关注,因为这些物种相当多的基因在古菌物种内有同源基因。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	罗大民	厦门大学生命科学学院	26	177	8.0	12.0
5	杨一子	厦门大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0