从金凤蝶分离的一株微孢子虫的全基因组MITEs转座子鉴定与系统进化分析

• 作者: 何强 刘铁 周泽扬 李学燕 李田 潘国庆 许金山
• 来源期刊: 蚕业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 微孢子虫 金凤蝶分离株 家蚕微孢子虫 微型反向重复转座元件 基因组
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 52-58
• 页数: 7页
• 分类号: Q959.115+.92
• 语种: 中文

摘要

微型反向重复转座元件(MITEs)是一种非自主性DNA类转座子.从四川省雅安市野外的金凤蝶(Papilio machaonLinnaeus)中分离到一株微孢子虫,简称PM-1.采用生物信息学分析方法,利用MITE-Hunter软件在PM-1基因组中鉴定出21个MITEs家族,命名为NpmME1～NpmME21.其中有5个家族属于Stowaway-like类,1个家族属于Tourist-like类,2个家族属于Pegasus-like类,其余13个家族为新家族.比较家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)已鉴定的MITEs转座子,发现PM-1分离株的NpmME20与家蚕微孢子虫的NbMEI属于同一家族,且在家蚕微孢子虫基因组中的拷贝数是PM-1分离株基因组中的30倍,表明该MITEs家族从2种微孢子虫共同祖先分化后,在家蚕微孢子虫基因组中经历了爆发式的扩增.对PM-1分离株NpmMEs各家族内拷贝序列两两间遗传距离的分析显示,NpmME1、NpmME8家族的遗传距离明显大于NpmME10、NpmME13、NpmME16家族,在家蚕微孢子虫中也有类似现象,暗示着前两者更为古老.进一步调查NpmMEs在PM-1基因组上的位置发现,NpmMEs转座子偏向于分布在基因侧翼非编码区,无基因内插入偏向;部分NpmMEs序列与基因起始密码子或终止密码子重叠,改变了基因的原有结构.研究结果有助于进一步阐释微孢子虫MITEs转座子的进化起源以及对基因组结构的影响.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周泽扬		73	422	11.0	18.0
2	许金山		16	33	4.0	4.0
3	何强		29	347	9.0	18.0
4	刘铁		1	0	0.0	0.0
5	李田		1	0	0.0	0.0
6	潘国庆		1	0	0.0	0.0
7	李学燕		1	0	0.0	0.0