GenBank数据库中黄麻EST-SSR标记的开发及其通用性评价

• 作者: 何雄威 刘星 张立武 徐建堂 方平平 林荔辉 祁建民 袁民航 陶爱芬
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 黄麻 EST SSR 标记开发 多态性
• 年，卷（期）: 2014,（7）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 1213-1219
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2014.01213

摘要

从GenBank公共数据库中下载黄麻表达序列标签838条,利用SSRPrimer软件对其进行SSR位点查找,利用Primer 3.0软件设计66对SSR引物,通过琼脂糖凝胶研究这些SSR引物的PCR扩增特点,以检测其多态性.结果表明,66对SSR引物在黄麻属6个不同类型材料的扩增中,42 (63.6％)对引物至少在2个材料之间存在多态性.(AT)n重复基元和(GC-)n丰富的三核苷酸重复基元多态性较高,可作为黄麻SSR标记引物设计的首选.黄麻EST-SSR标记开发效率较高,不仅可以丰富黄麻分子标记的数量,而且为剖析黄麻重要性状的遗传机制奠定基础,这对于黄麻的遗传基础研究具有重要应用价值.