樟树5种化学类型叶片转录组分析

• 作者: 伍艳芳 徐海宁 江香梅 熊振宇 肖复明
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 樟树 RNA-Seq 基因注释 功能分类 CDS预测
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 58-68
• 页数: 11页
• 字数: 6471字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2014.0069

摘要

樟树(Cinnamomum camphora )是樟科植物的一个代表种,具有材用、药用、香料、油用和生态环境建设等多种用途.叶精油中富含利用价值极高的樟脑、芳樟醇、1,8-桉叶油素、异-橙花叔醇和右旋龙脑等萜类化合物.依据叶精油中主要成分的种类和含量,可将樟树划分为脑樟、芳樟、油樟、异樟、龙脑樟5种化学类型.文章采用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术,对5种化学类型叶片转录组进行测序,对测序得到的所有Unigene进行GO(Gene Ontology)、COG(Clusters of Orthologous Groups)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类,给出功能注释和Pathway注释,并预测Unigene蛋白编码区(Coding sequence,CDS).De novo组装共获得156 278个Unigene,序列平均长度584 bp,N50(覆盖50%所有核苷酸的最大Unigene长度)为1 023 bp.通过与其他核酸、蛋白数据库的Blast搜索比对,共有55 955条Unigene获得了基因注释,占所有Unigene的35.80%.其中,有24 717条Unigene得到GO注释,有21 806条Unigene得到COG注释.KEGG pathways分析结果表明,共有3 350条基因(10.19%)注释到次生代谢生物合成途径,其中参与单萜、二萜、倍半萜和萜类骨架合成的Unigene有424个.在单萜合成的代谢通路中,有9条Unigene可能编码芳樟醇合成酶基因,且表达分析结果显示,芳樟醇合成酶基因在芳樟化学类型中优势表达,在油樟化学类型中表达水平较低.这些注释信息的完成为樟树功能基因及相关候选基因的发掘提供了基础数据和重要依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	江香梅	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	100	1183	20.0	29.0
2	肖复明	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	116	2244	27.0	43.0
3	熊振宇	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	13	121	6.0	11.0
4	徐海宁	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	31	161	6.0	11.0
5	伍艳芳	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	18	149	6.0	12.0