鼠尾藻基因表达对干露胁迫响应的初步研究

• 作者: 刘福利 孙修涛 梁洲瑞 汪文俊 王飞久 马兴宇
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鼠尾藻 干露胁迫 基因表达 RNA-Seq
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 页码范围: 282-288
• 分类号: Q785|S968.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2014.48915

摘要

为阐释鼠尾藻对干露胁迫的适应机制,本研究应用RNA-Seq技术从基因表达水平上研究了鼠尾藻对干露胁迫的分子响应过程.对照组CO1获得17 532 085条clean reads,3h干露胁迫的处理组DR2获得14 479 820条clean reads.CO1中检测到的表达基因数为20 966个,DR2中检测到的表达基因数为20 588个.CO1和DR2组间差异表达的基因总数为476个;相对于CO1,DR2中表达上调的基因数为135个(28.36％),表达下调的基因数为341个(71.64％).GO分析共富集得到915个GO term,其中143个GO term涉及的基因表达上调,860个GO term涉及的基因表达下调.pathway富集分析发现104个代谢途径被富集,其中表达上调基因参与的代谢途径数为10个,表达下调基因参与的代谢途径为101个.差异表达基因编码热休克蛋白家族、抗氧化酶系统、与蛋白合成、加工及降解的相关因子等.以上结果表明,鼠尾藻对干露胁迫的分子响应是一个复杂的过程,涉及众多生化代谢途径和信号转导途径.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙修涛	中国水产科学研究院黄海水产研究所	27	476	11.0	21.0
2	梁洲瑞	中国水产科学研究院黄海水产研究所	5	19	3.0	4.0
3	刘福利	中国水产科学研究院黄海水产研究所	4	16	2.0	4.0
4	汪文俊	中国水产科学研究院黄海水产研究所	6	27	3.0	5.0
5	王飞久	中国水产科学研究院黄海水产研究所	15	203	6.0	14.0
6	马兴宇	中国水产科学研究院黄海水产研究所	1	4	1.0	1.0