一个肝癌相关长链非编码RNA的克隆及序列分析

• 作者: 唐珂 孛昊 宋亚莉 廖前进 张文玲 李夏雨 魏芳 黄宏斌 龚朝建
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 学科: 生物学
• 关键词: 长链非编码RNA 肝细胞癌 染色体11q13.1 基因克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 153-162
• 页数: 10页
• 分类号: Q61
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1206.2012.00613

摘要

最近我们利用新一代测序(next generation sequencing,NGS)技术对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者活检标本及正常对照肝组织样品进行高通量RNA测序(RNA-sequencing,RNA-Seq),在肝癌样品中染色体11q13.1区域检测到几个相邻的RNA-Seq信号峰,而在正常对照组织中没有检测到,且该染色体区域目前尚无已知基因登录,提示这几个RNA-Seq峰可能代表一个或多个未知的新基因.以此为线索,证实这几个RNA-Seq峰来自同一个新基因,并克隆了该基因全长序列,在克隆该基因全长序列时,发现该基因编码的RNA存在多种剪接形式,最长的转录本为3 562 bp.将该基因编码的12条代表性RNA转录本序列递交到美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的GenBank数据库中,GenBank ID号分别为KC 136297～KC 136308.该基因编码的RNA没有发现明显的开放阅读框(open reading fragment,ORF),提示该基因可能编码长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).为了探讨该lncRNA基因可能的转录调控机制,我们用生物信息学方法预测了该lncRNA基因潜在启动子区域,发现在其转录起始位点上游-719～--469bp处有一个潜在的启动子,其中包含7个Sp1、1个STAT5和1个EGR1转录因子结合位点.该lncRNA在肝细胞癌发生发展过程中的作用机制值得进一步深入研究.