鲂属鱼类线粒体基因组的比较及其系统发育分析

• 作者: 吴俊颉 张秀杰 李艳和 杨东辉 王卫民 赖瑞芳
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鲂属 线粒体基因组 变异位点 分子标记 系统发育
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 页码范围: 1-14
• 分类号: Q343.1|S965
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2014.48840

摘要

基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析.结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区).除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码.4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好.全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信息位点有691个,占总变异位点的91.16％,简约性信息位点有67个,仅占总变异位点的8.84％.22个tRNA基因中只有1 1个存在种间变异,共23个变异位点,主要发生在tRNA三叶草结构的TψC和DHU臂环上.13个蛋白质编码基因中共检测出626个变异位点,这些变异主要发生在密码子第三位,占总变异位点的82.59％,其中变异位点数最多的是Cyt b基因,达84个,其次是ND 4基因(83个).因此,Cyt b和ND4基因可作为备选的分子标记,用于鲂属群体间的遗传学研究.基于4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列构建的ML树和BI树均显示,三角鲂与厚颌鲂的亲缘关系最近,团头鲂与它们的亲缘关系相对较近,而广东鲂与前述3种鲂属鱼类的亲缘关系均较远.