基于海甘蓝RNA-Seq序列开发EST-SSR分子标记

• 作者: 戚维聪 李坦 林峰 程计华 黄邦全
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 海甘蓝 RNA-Seq EST-SSR 分子标记
• 年，卷（期）: 2014,（5）
• 页码范围: 997-1002
• 页数: 6页
• 分类号: S565.903.53
• 字数: 3541字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2014.05.012

摘要

利用油料作物海甘蓝(十字花科)发育时期种子的RNA-Seq测序数据组装获得186778条cDNA重叠群( Contigs)序列，通过MISA 和Primer 3程序设计了6639个EST-SSR分子标记。在这些标记中，除了单核苷酸重复(45%)外，三核苷酸重复的 SSR 是最常见的碱基重复类型(29%)，其次是双核苷酸型(10%)、五核苷酸型(7%)、六核苷酸型(5%)和四核苷酸型(2%)型。采用电子定位的方法将1206个EST-SSR标记定位到近缘种白菜( Brassica napa)的基因组上。依据引物在白菜基因组中的分布，挑选了20条EST-SSR引物在海甘蓝中进行PCR验证，其结果显示所有引物均能够扩增出符合预期大小的PCR片段。这些新开发的EST-SSR引物可以作为功能标记应用于海甘蓝的分类鉴定、遗传图谱构建、种质资源鉴定以及分子标记辅助育种工作中。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李坦	江苏省农业科学院农业生物技术研究所	4	45	3.0	4.0
2	黄邦全	湖北大学生命科学院	21	386	9.0	19.0
3	林峰	江苏省农业科学院农业生物技术研究所	5	10	1.0	3.0