一个毛竹典型LTR转座子的克隆、鉴定及进化分析

• 作者: 周敏 周明兵 汤定钦
• 来源期刊: 竹子学报
• 关键词: 毛竹 LTR反转录转座子 Ph-LTR1 活性 进化
• 年，卷（期）: 2014,（3）
• 页码范围: 1-10,21
• 页数: 11页
• 语种: 中文

摘要

LTR反转录转座子普遍存在于植物界中.为了进一步了解LTR反转录转座子及探索毛竹中存在的可能具有潜在活性的LTR反转录转座子,研究借助毛竹基因组草图数据库,通过LTR-structure软件分析得到一个典型LTR反转录转座子Ph-LTR1,并对其进行鉴定及插入时间的估算,结果表明Ph-LTR1属于Ty3-gypsy类反转录转座子,其两端长末端重复序列同源性高达98.78％,插入时间约为47.9万年,是一个自身具备转座条件的年轻反转录转座子,并且极有可能具有潜在活性.采用同源性搜索方法搜索到52条Ph-LTR1家族元件,并对这些元件结构及其所在基因组的位置进行分析,结果表明Ph-LTR1家族元件中存在大量缺失的元件,且Ph-LTR1家族元件偏向分布于远离基因的区域.研究结果为后续具有潜在活性的LTR反转录转座子转化拟南芥实验奠定了基础,Ph-LTR1家族元件结构及进化分析促进了对于LTR反转录转座子在基因组进化角色的认识与理解.