中国明对虾和中华绒螯蟹EST的Blast2GO注释及其在免疫基因分布研究中的应用

• 作者: 刘逸尘 孙金生 张亦陈 曾铮 郝彤
• 来源期刊: 天津师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 中国明对虾 中华绒螯蟹 免疫基因 基因功能注释 EST Blast2GO
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 页码范围: 62-66
• 页数: 5页
• 分类号: Q78
• 字数: 4019字
• 语种: 中文

摘要

以dbEST数据库中公布的中国明对虾和中华绒螯蟹的EST序列作为数据源,利用CAP3对其进行聚类拼接,采用Blast2GO软件进行功能注释,并通过查找免疫相关的GO注释和检索免疫关键词的方法寻找免疫相关基因,经与不同物种免疫基因的比较,推测可能的免疫基因序列,并进一步分析免疫基因在不同组织和细胞中的分布.结果表明,通过注释和关键词进行筛选这2种方法具有较好的互补性;预测了位于中国明对虾头胸部的60个可能的免疫基因以及位于中华绒螯蟹血细胞hemocyte、haemocyte、肝胰腺、性腺和精巢中的250个免疫基因,这些基因包括模式识别受体、抗氧化蛋白、抗菌肽、凝集素等,其中部分参与酚氧化酶原激活系统、Toll信号通路等重要免疫过程.中华绒螯蟹血细胞中具有种类丰富的免疫基因,与已有的甲壳动物免疫系统相符合.肝胰腺中发现了模式识别蛋白、蛋白酶以及数量众多的凝集素种类,提示肝胰腺在免疫过程中也发挥了一定作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙金生	天津师范大学生命科学学院	49	320	8.0	17.0
2	张亦陈	天津师范大学生命科学学院	15	49	4.0	6.0
6	刘逸尘	天津师范大学生命科学学院	15	50	4.0	6.0
10	曾铮	天津师范大学生命科学学院	1	4	1.0	1.0
14	郝彤	天津师范大学生命科学学院	2	4	1.0	2.0