基于蛋白质互作知识的生物学通路扩充新方法

• 作者: 左晓宇 张乃尊 栾奕昭 梁岩 覃继恒 赵小蕾 饶绍奇
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 蛋白质-蛋白质互作 基因本体论 富集分析 通路归属 预测
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 387-394
• 页数: 8页
• 字数: 5325字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2014.0387

摘要

生物学通路被广泛应用于基因功能学研究,但现有的生物学通路知识并不完善,仍需进一步扩充.生物信息学预测为通路扩充提供了一种有效且经济的途径.文章提出了一种融合蛋白质-蛋白质互作知识以及Gene Ontology(GO)数据库信息进行基因通路预测的新方法.首先选取目标基因在蛋白质-蛋白质互作层面上的邻居所在的Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路为候选通路,然后通过检验候选通路中的基因是否在与目标基因关联的GO节点富集来判断目标基因的通路归属.分别利用Human Protein Reference Database(HPRD)和Biological General Repository for Interaction Datasets(BioGRID)数据库中的蛋白质-蛋白质互作信息进行预测.结果表明,在两套数据中,随着互作邻居个数的增加,预测的平均准确率(在所有目标基因注释的通路中被成功预测的比例)及相对准确率(在至少有一个注释通路被成功预测的基因集中,所有注释通路均被预测正确的基因所占的比例)均呈现上升趋势.当互作邻居个数达到22时,预测的平均准确率分别达到96.2％(HPRD)和96.3％(BioGRID),而相对准确率分别为93.3％(HPRD)和84.1％(BioGRID).进一步利用新版数据库对旧版数据库中被更新的89个基因进行验证,至少有一个更新通路被预测正确的基因有50个,其中43个基因的更新通路被完全正确预测,相对准确率为86.0％.这些结果显示该方法是一种可靠且有效的通路扩充方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	饶绍奇	广东医学院医学系统生物学研究所与公共卫生学院	7	27	3.0	4.0
5	梁岩		19	83	4.0	8.0
6	张乃尊		8	16	3.0	3.0
7	覃继恒	广东医学院医学系统生物学研究所与公共卫生学院	6	11	2.0	3.0
8	赵小蕾	广东医学院医学系统生物学研究所与公共卫生学院	3	9	2.0	3.0
9	左晓宇	中山大学公共卫生学院	4	11	3.0	3.0
10	栾奕昭	广东医学院医学系统生物学研究所与公共卫生学院	3	10	2.0	3.0