甘薯近5种Ipomoea trifida（Kunth）G. Don基因组Fosmid文库构建及PCR筛选体系建立

• 作者: 吴志明 周志林 唐君 张安 曹清河 李亚栋 李昂 赵冬兰 马代夫
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 甘薯近缘野生种 基因组 Fosmid文库 文库筛选体系
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 页码范围: 45-50
• 页数: 6页
• 分类号: Q78
• 字数: 3427字
• 语种: 中文

摘要

为挖掘有价值的基因资源,对甘薯近缘种I. trifida的基因组文库进行了研究。通过流式细胞法测定I. trifi-da(2x,编号DLP4597)基因组大小为531.699 Mb。以叶片为材料采用包埋法提取基因组DNA,通过物理剪切进行基因组DNA片段化并进行末端平滑化和磷酸化处理,脉冲场电泳回收33~48 kb的DNA片段,然后连接到Fosmid载体pCC1FOS(Epicentre)上,包装转化大肠杆菌EPI300,构建了I. trifida的基因组Fosmid文库,该文库包含101952个单克隆,保存于1062个96孔培养板中,平均插入片段35 kb,覆盖基因组约6.7倍,理论上任意片段筛出率达到99.88%。以20个96孔板为一组构建三维PCR筛选体系,共分为53个组(第53组包含22个96孔板),每组包含1个超级池,20个板池,12个列池,8个行池,理论上最多通过93个PCR反应即可筛选到1个阳性单克隆。随机选择来自I. trifida的10个基因进行文库克隆筛选,平均阳性克隆数为8.2个,最少阳性克隆数为3个,最多为16个。