香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3基因组中ORFs的信号肽及分泌蛋白功能预测分析

• 作者: 李华平 王婉 白亭亭 肖文超 范会云
• 来源期刊: 果树学报
• 学科: 农学
• 关键词: 香蕉细菌性软腐病菌 信号肽 分泌蛋白
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 种质资源·遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 1057-1064
• 页数: 8页
• 分类号: S668.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20140118

摘要

[目的]利用香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3全基因组测序结果对其信号肽进行预测和分析,为深入研究其分泌蛋白、明确香蕉与病原微生物互作的分子机制奠定基础.[方法]应用SignalPv4.1、TMHMMv2.0、THUMBUP、TargetP1.1、LipoP1.0、TatP1.0、big-PI predictor 7个软件对香蕉细菌性软腐病菌基因组中4 313个ORFs进行预测分析,并通过swisspot数据库预测信号肽所在ORFs的功能.[结果]香蕉细菌性软腐病菌中存在具有信号肽的ORFs 218个,占其基因组编码ORFs的5.05％,其中有184个ORFs属于Ⅰ型信号肽,32个ORFs属于Ⅱ型信号肽,2个ORF为CYT型,未发现Prepilin-like型信号肽的存在.在所有分泌蛋白中,有122个具有可预测的功能,其余96个为功能未知的推定蛋白.[结论]解析了香蕉细菌性软腐病菌基因组ORFs中的信号肽及分泌蛋白的可能功能,发现存在很多果胶酶、蛋白酶、纤维素酶等致病因子和一系列其他可能的致病因子,这为后续致病机理的研究提供了众多候选基因.