瘤胃细菌GH48家族糖苷水解酶基因多样性

• 作者: 戴欣 李劲亭 田彦 胡松年 苏小运 董志扬 黄力
• 来源期刊: 微生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 瘤胃细菌 木质纤维素降解 GH48 糖苷水解酶 多样性
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 酶和蛋白质
• 页码范围: 53-61
• 分类号: Q936
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.01.007

摘要

[目的]了解瘤胃细菌第48家族糖苷水解酶基因(GH48)多样性,为木质纤维素高效降解提供新的基因资源.[方法]通过基因序列比对,设计gh48的简并引物;同时提取两个瘤胃样品的总DNA和总RNA,并将总RNA逆转录成cDNA.以总DNA和cDNA为模板,通过PCR扩增分别建立克隆文库并对克隆文库进行测序;对所得序列进行out种类划分和聚类分析.[结果]本研究共得到了455条编码GH48家族蛋白的基因序列,核苷酸序列之间的相似性为58.65％-100％.对序列的进一步分析表明,89％可以作为区分其种类的界定标准.以此为依据确定所得到的基因序列分别编码66种不同的GH48家族蛋白,分别聚为5个相对独立的类群,其中新类群C中OTU65所代表的序列是cDNA克隆文库中的优势序列,分别占两个cDNA克隆文库的36.4％和19.5％.我们的结果揭示瘤胃细菌gh48基因具有丰富的多样性,同时,其中也存在优势表达的GH48家族蛋白.