养殖刀鲚与生长环境菌群PCR-DGGE指纹图谱及多样性分析

• 作者: 张勇 徐钢春 杜富宽 程起群 聂志娟 顾若波
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 刀鲚 细菌菌落 香农指数 PCR-DGGE
• 年，卷（期）: 2014,（7）
• 页码范围: 1009-1017
• 分类号: Q938.8|S965.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2014.49031

摘要

为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析.PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带.UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95％以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76％),同时与养殖水体相似度达29％;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物聚为一支,相似度为38％.回收测定所有显示条带,主要包含变形菌、放线菌、拟杆菌、柔膜菌、蓝藻细菌、厚壁菌、梭杆菌及少量未定义菌种.研究表明,PCR-DGGE技术能区分养殖刀鲚主要部位及水体微生物的结构差异和多样性,澄清养殖刀鲚及生长水体微生物区系,可为定植益生菌的开发提供参考.