水稻扩展蛋白家族的生物信息学分析

• 作者: 徐倩 徐吉臣 徐筱 施杨 李昊阳
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 水稻 扩展蛋白 细胞壁 基因家族 生物信息学
• 年，卷（期）: 2014,（8）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 809-820
• 页数: 12页
• 字数: 6106字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2014.0809

摘要

扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,具有松驰细胞壁和增加细胞壁柔韧性的作用,在植物的生长发育及抗性等方面起到重要的作用.水稻的全基因组序列统计分析显示,水稻扩展蛋白基因家族包含58个成员,分属于A(34)、B(19)、LA(4)和LB(1)4个亚家族,分布在水稻10条染色体上的58个位点,且同一亚家族成员有成簇存在的现象.扩展蛋白基因长度范围为687～1128 bp,编码蛋白质具有保守的结构域,以及保守的半胱氨酸和色氨酸残基.多数情况下,亚家族成员之间的氨基酸一致率小于35％,而同一亚家族成员之间的氨基酸一致率大于35％.在内含子、外显子组成模式上,水稻扩展蛋白呈现明显的亚家族特异性,除个别基因以外,A类基因含有1或2个内含子,B类含有3个内含子,LA和LB类含有4个内含子.密码子使用统计显示,与其他物种相比,水稻中的扩展蛋白具有更多的密码子使用偏好性,有26个高频密码子存在.研究结果展示了水稻扩展蛋白基因家族的基本信息,为深入研究扩展蛋白基因的功能、探讨物种间的进化关系奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐吉臣	北京林业大学林木育种国家工程实验室	11	66	5.0	8.0
2	施杨	北京林业大学林木育种国家工程实验室	3	23	2.0	3.0
3	徐筱	北京林业大学林木育种国家工程实验室	3	42	3.0	3.0
4	李昊阳	北京林业大学林木育种国家工程实验室	4	51	3.0	4.0
5	徐倩	北京林业大学林木育种国家工程实验室	8	60	4.0	7.0