一种在格点模型上模拟蛋白质折叠结构的优化算法

• 作者: 刘景发 刘朝霞 孙媛媛 宋蓓蓓 黄维波
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 关键词: 蛋白质折叠问题 势能曲面变平法 牵引移动 FCC格点模型
• 年，卷（期）: 2014,（7）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 712-718
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1206.2013.00304

摘要

蛋白质折叠问题是生物信息学中一个经典的多项式复杂程度的非确定性(non-deterministic polynomial,NP)难度问题.势能曲面变平法(ELP)是一种启发式的全局优化算法.通过对ELP方法中的直方图函数提出一种新的更新机制,并将基于贪心策略的初始构象的产生,基于牵引移动的邻域搜索策略与ELP方法相结合,为面心立方体(FCC)格点模型的蛋白质折叠问题提出一种改进的势能曲面变平(ELP+)算法.采用文献中9条常用序列作为测试集.对于每条序列,ELP+算法均能找到与文献中的算法所得到的最低能量相等或更低的能量.实验结果表明,ELP+算法是求解FCC格点模型的蛋白质折叠问题的一种有效算法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘景发		21	45	4.0	6.0
2	刘朝霞		14	125	5.0	11.0
3	宋蓓蓓		1	0	0.0	0.0
4	孙媛媛		1	0	0.0	0.0
5	黄维波		1	0	0.0	0.0