瓠瓜Ty1-copia型逆转座子RT基因的分离与序列分析

• 作者: 何晓明 彭庆务 李明珠 江彪 罗少波 谢大森 赵芹
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 瓠瓜 Ty1-copia逆转座子 逆转录酶 克隆 序列分析
• 年，卷（期）: 2014,（8）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 1577-1585
• 页数: 9页
• 分类号: S642.9|Q78
• 字数: 6142字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2014.08.022

摘要

以3个瓠瓜栽培种为供试材料,利用Ty1-copia逆转座子逆转录酶保守序列设计简并引物,PCR扩增获得260 bp左右序列条带,回收产物克隆至T载体进行测序,利用生物信息学软件分析获得的25条逆转录酶序列.结果表明,这些序列长度变化范围为218～267 bp,经DNAStar软件比对同源性在26.1％ ～99.6％之间,存在高度异质性,主要表现为缺失突变,核苷酸序列聚类分析分为6个家族,家族1与家族3分别占总序列数的24.0％与36.0％.翻译成氨基酸序列后,分别有2条与11条序列发生移码与终止密码子突变.与已发表物种的相应序列构建系统发育进化树,发现瓠瓜Ty1-copia型逆转座子RT序列具有一定保守性,同时也与杨树、草莓、马铃薯等有很近的亲缘关系.本研究为后续利用逆转座子开发分子标记研究瓠瓜遗传变异及进化途径奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢大森	广东省农业科学院蔬菜研究所	100	798	15.0	23.0
2	何晓明	广东省农业科学院蔬菜研究所	95	933	16.0	26.0
3	彭庆务	广东省农业科学院蔬菜研究所	89	667	14.0	20.0
4	罗少波	广东省农业科学院蔬菜研究所	82	637	14.0	21.0
5	赵芹	广东省农业科学院蔬菜研究所	26	93	6.0	7.0
6	李明珠	广东省农业科学院蔬菜研究所	13	38	4.0	5.0
7	江彪	广东省农业科学院蔬菜研究所	18	22	3.0	3.0