猪新基因KCNJ12编码区电子克隆、RT-PCR验证和组织表达分析

• 作者: 曾养志 査星琴 潘伟荣 王淑燕 王配 秦彩艳 苗永旺 霍金龙
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 内向整流型钾离子通道亚家族J成员12 电子克隆 版纳微型猪近交系 生物信息学 组织表达
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 页码范围: 41-49
• 页数: 9页
• 分类号: Q78
• 字数: 6793字
• 语种: 中文

摘要

通过NCBI下载猪近缘物种的KCNJ12基因序列,在线BLAST比对获得猪EST序列、参考基因组序列和高通量基因组序列。利用Lasergene软件电子克隆猪KCNJ12基因编码区序列及部分侧翼序列。针对编码区设计特异引物并以版纳微型猪近交系BMI为研究材料进行试验验证,同时应用半定量RT-PCR技术对BMI 31种重要组织进行了表达分析。研究获得了猪 KCNJ121290 bp 的编码区序列( GenBank 登录号：KC505155,对应的氨基酸登录号：AGK36093)。生物信息学分析表明,该基因编码429个氨基酸,预测的蛋白质分子量( Mw)为48.63 kDa,等电点( pI)为5.66。蛋白质结构分析显示,KCNJ12存在2个保守域,3个跨膜结构域,无信号肽；疏水性分析表明其N端和C端均具有亲水性；亚细胞定位显示,该蛋白位于细胞质的概率是94.1%。系统进化分析表明,猪与牛、羊的亲缘关系最近。组织表达分析表明,KCNJ12基因在31个被检组织中存在明显的表达差异,在小脑中高表达；在肌肉、结肠、盲肠、食管、皮肤、大脑、下丘脑及脊髓中中度表达；在胸腺、肝、直肠及脑干中低表达；在颌下腺、睾丸、甲状腺、附睾、肺、心、脾、肾上腺、淋巴结、肾、胰脏、十二指肠、空肠、回肠、胃、垂体、松果体及舌下腺中不表达。研究结果为该基因在猪中的功能研究提供依据。